Festiwal powstał w 2006 roku, w którym przypadała 250. rocznica śmierci Johanna Gottlieba Goldberga, urodzonego w Gdańsku klawesynisty i kompozytora, żyjącego w latach 1727-1756. Nazwisko Goldberga przeszło do historii muzyki dzięki Wariacjom Goldbergowskim Johanna Sebastiana Bacha (BWV 988), których, jako jego uczeń, był pierwszym wykonawcą.

Pomysłodawczynią i obecnym dyrektorem Festiwalu jest Alina Ratkowska, adiunkt Uniwersytetu Muzycznego im. Fryderyka Chopina w Warszawie, zwyciężczyni Międzynarodowego Konkursu Klawesynowego w Bolonii w 2005 roku. Ideą nadrzędną Festiwalu Goldbergowskiego jest prezentacja najciekawszych interpretacji muzyki dawnej z wykorzystaniem oryginalnego instrumentarium, a także ukazywanie zjawisk artystycznych inspirowanych muzyką dawną. Impreza zrodziła się również z chęci przybliżenia szerszej publiczności muzycznego dziedzictwa dawnego Gdańska.

Nawiązana współpraca z Biblioteką Gdańską PAN owocuje wykonaniami najcenniejszych zachowanych dzieł z twórczości gdańskich mistrzów epoki baroku. Ponadto Festiwal, przywołując nazwisko swojego patrona, przypomina o jego związku z Gdańskiem.

Festiwal przyczynia się do promocji miasta, jego dziedzictwa kulturowego, które dzięki długoletniemu medialnemu wsparciu Programu Drugiego Polskiego Radia i transmisjom festiwalowych koncertów ma zasięg ogólnopolski i europejski dzięki wymianie zarejestrowanych koncertów w ramach Europejskiej Unii Radiowej.

Impreza zyskała stałe grono melomanów, jest również rozpoznawalna w kraju i zagranicą.